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第一話：潛入基坎提斯！

艾克斯、傑洛與夏德奉立迪普司上校的命令，藉由機動型轉送裝置（OP中那個像螃蟹的紅色機械）來到基坎提斯調查解放軍總統「伊普西隆」的下落。上校表示這個任務若是失敗，就得將基坎提斯夷為平地。首先要調查的地區，就是製造出伊普西隆的拉格拉諾廢墟。進入廢墟內後，三人正準備繼續深入時，突然一根大柱子倒下，眾人幸而無傷，但艾克斯也因此被孤立，接著三人打算在上層合流，艾克斯也開始了他的行動。

艾克斯雖然被孤立，但這區敵人並不強，當作熟悉遊戲練習即可，不過就算全程逃跑到BOSS戰也是綽綽有餘，另外HYPER模式儘量不要用，若真要用，請在打BOSS前至少升一次級，以確保能夠使用6個回合。

一開始必須去調查左下房間內的綠色面板來解除通往2樓的門鎖，順便於中間的房間內進行儲存。來到2樓後，必須先前往左方的圓形區域（思考型機器人開發室）調查4個製造槽，調查完後傑洛會傳來通訊，接著通往3樓的門才會開啟。

於3樓中間的房間有「溶解飛彈」，可讓敵人護盾-10%，裝不裝隨便，因對頭目戰影響不大，主要是打雜魚時可稍稍提升損傷值（當然前提是用射擊，變X火焰的話這個副武器就沒用了）。

本層也要先前往左邊的圓形區域調查2個製造槽，之後調查左下房間的綠色面板才能繼續劇情，傑洛會跟你說要在響第三聲的時候進行操作，操作成功後出門會遇到普雷翁殲擊機，隨便打都能贏，不需任何戰略，因此不解釋，這裡至少會強制升到LV2，並且獲得X之心與LE+100的FM，系統會開啟教學，提示你進入選單將之裝備上。

上到4樓時先行儲存，並且確認LE足夠，因為左邊的圓形區域將有BOSS戰。

前往圓形區域前，請先確認X之心與LE+100有沒有裝？HYPER是否還有6次？若沒有，請去升一下級將HYPER補滿。進入圓形區域後傑洛會入隊，但緊接著就是BOSS戰，沒有準備時間。

河馬的特性是對射擊、萬能、道具系的攻擊100%發動防護罩，並且設置鯊魚飛彈進行固定500點的傷害，而鯊魚飛彈屬於空中系，用射擊比較好打；還有就是頭部被打12下後會爆掉，防護罩也會因此消失。雖然說把鯊魚飛彈打掉看似比較保險，但其實這戰可以不鳥鯊魚飛彈，一直用格鬥K就能贏！

開戰後艾克斯開HYPER變X火焰，只用普攻，如此反覆到WE100%再開AT即可，若被打掛，還有X之心可立即復活，不用怕。傑洛也是直接開HYPER，然後用普攻，當WE到100%時，使用副武器「幻影」，再用AT輸入招式，以至少8HIT、使出零式升龍斬為目標。這邊提一下，由於Z的AT越後面的招式威力會修正得越低，所以在WE100%下開AT輸出不會強多少，不用太糾結，開幻影雖然會掉WE，但威力會只用AT還來得高。

這邊一個比較不確定的因素，就是若鯊魚飛彈2次都擊中傑洛的話就會掛點，得重打（X的話可挨3次才掛）。個人在此以10巡結束戰鬥，艾克斯的等級由2升到4，傑洛由5升到6。

打倒河馬後別忘了附近的稀有道具，然後直上5樓就是劇情。來到頂樓的兩人與夏德合流，並且見到了解放軍總統伊普西隆的真面目，伊普西隆此人面容不怒而威，但似乎沒有惡意，還表示相當欣賞身為非正規戰警的諸位，希望與他的理想一同奮鬥，但艾克斯與傑洛當然並不領情，本來要與夏德一起上，卻沒想到夏德早就認同伊普西隆的理念，將刀刃指向艾克斯與傑洛，兩人雖驚訝但依然鎮定，朝伊普西隆攻擊，但沒想到伊普西隆擋下了艾克斯的攻擊，傑洛也被神秘女子以鞭子制住，原來伊普西隆並非隻身一人，還有他的三幹部，局勢急轉直下。

傑洛掙脫鞭子，但被夏德轟飛。艾克斯眼見不妙，作勢假裝要大打一場，實則攻擊地面造成騷動，並且往空中跳了出去...鞭子女本要追擊，但被伊普西隆制止，表示現在應是以完成理想為重，在皎潔的月光下高呼將理想擴及全世界的宣言─

第二話：收復中央塔！

艾克斯醒來後不知身在何處，旁邊的醫務官見艾克斯醒來，說這裡是被稱為「新希望」的中央塔，但現已被解放軍控制。可操控艾克斯後，旁邊有雜貨店可買東西，不過不用買什麼；本話商店為在路途中出現，本話結束後，要到空中都市去買，若後幾話想回頭買舊道具，請找雜貨店。這邊需注意的是在室內會觸發戰鬥，可以不練等一直逃到打頭目為止，嫌遇敵率太高就逃跑吧！

走到外面後可看到解放軍正發布通緝艾克斯的消息，這時艾克斯跟位於本國的上校進行通訊，呈報夏德背叛的消息，但來不及說更多就斷訊了，接著往左走可看到儲存點，儲存。

儲存完後要注意接下來會發生頭目戰，先看一下地圖查看頭目「史派達」位於何處，只要注意血量足夠和HYPER還有就好。遇到史派達前會出現一位打算攻擊艾克斯的思考型機器人，但被史派達幹掉，史派達表明自己是獎金獵人，要取艾克斯首級！

史派達的特性是放出反擊卡片後，會對射擊進行反擊，因此本戰要馬上切換到使用格鬥的X火焰，然後使用副武器「集氣裝置」，再使用普攻，如此一來反擊卡片將完全無用武之地，反覆之便可戰勝，但沒有任何獎勵。

史派達逃跑後，艾克斯繼續往前，遇到名為「艾爾」的思考型機器人，他請求艾克斯救出「亞爾司令」，並且將自己的ID拔下來給艾克斯，並且以自爆來阻止追兵（該通路自此之後鎖死）。艾克斯看著艾爾的ID，決定接下艾爾的遺願。

沿著迴廊往上走，有位NPC會請求艾克斯救出同伴，打倒雜魚後可進行購物，這時買6個高溫火焰，至少要讓身上有7個高溫火焰（其中一個在前面的地圖上），打頭目時會很方便，其他物品均可不買。

接下來請看地圖找出亞爾司令的位置，這時亂跑是沒有用的。途中會遇到幾次強制戰，但都不難便不解釋。途中史派達會再度登場，艾克斯慘被打飛，然而當史派達看到艾爾的ID後，不知為何態度有了轉變，並且轉而攻擊解放軍。

救到亞爾司令後，控制中央塔的解放軍首領「狂野強哥」勃然大怒，啟動倒數120秒的自爆裝置，此時必須前往司令室解除自爆裝置，不過進入狀態欄與戰鬥時倒數會暫停，可利用這點鬆一口氣。解除自爆裝置後繼續往上走並且儲存，準備迎接頭目戰。

狂野強哥這戰並不難，不練級也OK，只要針對火150%這點狂轟即可！開戰前請先確定艾克斯還有6次HYPER，LE也要儘量滿，再更龜毛點可到道具欄中以手動整理的方式把「高溫火焰」放到第一欄。

開戰後艾克斯就轉成X火焰，先用副武器「碎殼砲」，然後用「集氣裝置」，再使用普攻，之後就只用集氣裝置>普攻這樣的打法（不要用AT，出力反而比較低）。而此時入隊的史派達，只要開啟道具欄一直丟高溫火焰就好，傷害可達750！（不要用超高溫火焰，留到下一話用更佳）大約17~20巡左右強哥就掰掰了，如果艾克斯等級更高可打更快。至於血量方面，艾克斯有免洗的X之心不用怕，而史派達若老是被攻擊的話，快被打掛前開HYPER即可。

個人在此艾克斯等級由6升至9，史派達由8升至10。

打倒強哥後，艾克斯向亞爾司令表示這是跟史派達一同作戰的結果，史派達也有繼續討伐反抗軍的意願，也許，這些都是艾爾的功勞─（然而，真相是殘酷的...）

第三話：假英雄

亞爾司令表示一位名為「奈奈」的領航員被俘虜於「提亞納海底收容所」，要把她救出來，如此一來基地功能才能正常運作。

可以行動後，把艾克斯的武器給換成先前強哥掉落的「電擊砲」，再到空中都市的道具店購買8個「高壓電擊」，其他道具與武器可不買。如果各位在此錢足夠，可到FM店買幾個「身體修復」（要1000Z，現在來講很貴，請權衡），再依自己的意思買其他道具即可，至少8個「高壓電擊」是一定要的。雖然FM有水防壁可買，但是也有點貴，兩相比較之下，身體修復還比較好。

來到海底收容所後，會發現一個神經兮兮的大塊頭以為兩人是解放軍，但得知不是後便放鬆了下來，號稱自己是「鋼鐵的麥西摩」，兩人雖感奇怪，還是邀請麥西摩加入，麥西摩接著說在這裡想找一個人，希望兩人可以幫忙。這時系統會說可以使用FS（終極突擊）了。本話也可以不練級，遇到暗雷戰就逃，只靠打強制戰獲得的經驗便足矣，而強制戰有3場。

第一場是大猴子+杜賓汪x2。由於麥西摩一開始等級很低，因此讓麥西摩只進行防禦，若受傷的話趕快用備用能源補血，先專心攻擊大猴子，由於大猴子對雷抗弱，艾克斯可先使用「集氣裝置」再射擊，史派達也先只打大猴子，這場打完後，麥西摩的等級便足夠應付接下來的戰鬥。

第二場是大猴子x3，這邊也一樣一次只專心打一個大猴子，麥西摩於此也可以開始使用「集氣裝置」再進行攻擊。打完第二場戰鬥後要到上面的房間先解除「監牢門鎖管理裝置」，然後找NPC拿「監獄ID」，方可前往下一層。

第三場是普雷翁分離艙+普雷翁電光x2，這場只要在CH2時有在地圖中拿到「超高溫火焰」的話就超簡單，但是要給麥西摩丟，因為他的AT升到LV2的解鎖條件是「一次打出合計3000點的傷害」，解鎖後對頭目戰有幫助。如果沒有「超高溫火焰」，就只好慢慢打了。

救出奈奈後，奈奈表示對於眼前這位麥西摩感到奇怪，跟她所知的情報不符，麥西摩應該是被關起來了才對，眾人沒有頭緒，繼續往前深入。

接著會遇到要踩有顏色的地板的房間，第一個只要藍＞紅即可，但後面有更複雜的。除了解除門鎖之外，還有解道具鎖的功用，解法如下表（b的道具鎖有二個），需注意只有在進行主線時才能解道具鎖，以後再來就不行了。

快走到水之競技場時，奈奈說這道門鎖需要花一點時間開啟。這時麥西摩突然不見了，往剛剛有2個人看守著的通道前進，可看到真‧麥西摩其實被銀色巨角給打得極其悽慘，並且被禁閉，假麥西摩其實是個崇拜真‧麥西摩的小人物，看到真‧麥西摩的慘狀，直言難以置信，但真‧麥西摩鼓勵假麥西摩戰鬥下去，並且將鎧甲交給了他。

找到麥西摩後，麥西摩似乎有什麼話想說，但艾克斯不勉強麥西摩。往回走時突然聽到奈奈的慘叫聲，眾人趕緊前往水之競技場。在此記得先儲存，並且確認眾人的HYPER都是滿的。裝備與武器在此就算都沒換也OK。備用能源建議至少要有200%。本地圖有１個「高壓電擊」，若先前有買8個高壓電擊，此時應該總共有9個，開啟道具欄，將之放在第一位以節省選擇的時間。若希望再保險點，可讓史派達與麥西摩各裝備幾個FM「身體修復」，如果有錢的話。

來到水之競技場後發現趴著的奈奈，接著銀色巨角出現，看到麥西摩時猶豫了一下，但接著便知道只是長得像麥西摩的另一個人，很是得意地踩著奈奈，直說真‧麥西摩真是太弱了，麥西摩聞言暴怒，打飛銀色巨角，至此進入頭目戰。

銀色巨角的攻擊模式是奇數回合使用「衝擊凝視」或「超低溫炸彈」，偶數回合使用「衝擊凝視」或「超暴風雪」，隔三個回合發動「海嘯」。LE50%以下後發動「流體防壁」，之後奇數回合改用「海嘯」或「超暴風雪」，偶數回合使用「衝擊凝視」或「死神高壓波動」。其中「死神高壓波動」會打出800點左右的傷害，是銀色巨角的最強攻擊，請儘量確保眾人LE在800以上。

一開戰艾克斯先只用「集氣裝置」攻擊，由於裝備電擊砲，威力不會太低，直到銀色巨角發動「流體防壁」後，再變成X火焰使用「集氣裝置」攻擊，以免到時冷卻後使用射擊時威力不佳。史派達只丟「高壓電擊」，若眾人LE偏低，可自己HYPER，或者使用備用能源的全體回復100%。麥西摩先只用普攻，WE超過80％時HYPER，使用「集氣裝置」後發動AT，連打第一條與第三條（手速夠快的話，WE50％就能連打到滿了），如此一來應至少可打2000點左右，之後HYPER剩一回合時先冷卻，WE再度超過80%時，重開HYPER重複上面的行動。

他發動「流體防壁」後比較麻煩，攻擊可能被削弱，若真萬一變成持久戰，就是我方各種保命手段夠不夠充分的問題，本文最前面已經有說明可用道具與方法，於此不再贅述，若真打不過，就用儲存裝置回中央塔買道具再來吧。個人在此以40巡左右結束戰鬥，艾克斯等級由9升至11，史派達由10升至12，麥西摩由6升至11。

戰鬥結束後，麥西摩決定繼承真‧麥西摩的遺志，加入艾克斯一行人，以「鋼鐵的麥西摩」之名繼續奮戰。

第四話：高迪爾研究所

亞爾司令說有位名叫高迪爾的博士的人，如果能夠邀請他加入我們，將是極大的戰力，但他自從解放軍事件發生後就躲在自己建立的研究所當中，拒絕過問世事。

可以行動後，先跟奈奈談話，開啟派遣選單，以「探索、戰鬥、諜報」這樣的配法去探索拉格拉諾廢墟（以後若想知道比較好的派遣配法，請參閱DATA頁面的Deployment標籤）。接著前往空中都市購物，武器只需買史派達的黑桃Q。然後買FM店力量+3買5個，雜貨店買2個WE+5、9個高溫火焰。接著裝備武器，艾克斯裝備銀色巨角掉落的冰結砲，FM的部分則是艾克斯裝備2個力量+3、史派達1個力量+3、１個力量+1（於CH1地圖中獲得），2個WE+5，麥西摩2個力量+3，其餘空格隨意。這樣裝備完後，史派達會有一點侵蝕問題，平時戰可拿掉力量+1，頭目戰時再重新裝備上，拼人品賭侵蝕不會發生。若金錢不足，則只先買黑桃Q、2個WE+5、9個高溫火焰，理論上有賣舊武器的話，這點程度是夠買的。

來到研究所走幾步後看到賽克博士正在向高迪爾博士發動最後通牒，要強行突破，接著一個回頭，看到艾克斯等人時嚇了一跳，命令部下攻擊。這個強制戰沒什麼，先把兩個普雷翁槍手打爆，然後用史派達偷普雷翁隊長的FM「避難」，之後選任一人裝備，如此一來暗雷戰便可100%逃跑成功，反正這話也是不用練級。

過場會看到名為瑪莉諾的女盜賊跟蹤眾人，雖然麥西摩有回頭，但沒看到誰。再來瑪莉諾遇上了席娜蒙，瑪莉諾說自己是個寶物收藏家，正在找"FMG"，接著席娜蒙就打算直接向瑪莉諾展示"FMG"。同為入侵者的賽克博士正在跟高迪爾博士吵架，宣揚解放軍的理想，而高迪爾博士生氣地說不希望自己的研究被用於爭端。但賽克博士接著說早知道高迪爾博士開發出了"FMG"，並且裝在某人身上了，高迪爾博士發覺秘密被識破，不知如何是好。賽克博士很得意地操控著監視器，一下子就找到了席娜蒙，但發覺瑪莉諾想把席娜蒙偷走，便立即採取行動。

有一段路程沒有暗雷，但是地板上有探測器，碰到會觸發戰鬥，雖然可以逃跑，但還是一開始就不要碰到比較省時，方法是以衝刺通過之，還有就是路途中遇到的派遣人員請記得回收（以後不再贅述）。

見到高迪爾博士後，其表示不想加入任何一方，但依然希望眾人救出席娜蒙。接著可看到賽克博士命令部下把瑪莉諾給打得動彈不得，席娜蒙不忍心，上前幫瑪莉諾治療，但沒多久就被賽克博士帶走。

接著會來到無限之森，高迪爾博士提醒眾人一直往右走（藍線）比較快，以後有時間再來此挑戰別的路線吧。

追到賽克博士前先儲存，如果身上道具不夠，可回基地一下，並且調查派遣是否已經回來，若有，就查看派遣結果，並且再度派遣至拉格拉諾廢墟，其餘派遣人員調查提亞納海底收容所。派遣配置完後去空中都市採買，採買內容如本文最前面所述，理論上這時金錢是很充足的，採買完再回到高迪爾研究所。

賽克博士的行動模式是場上只有他一人時就召喚針狀飛彈，若場上還有針狀飛彈，才使用其它技能。針狀飛彈有點強，因此在最短時間內全部打爆是本戰重點，請善用史派達的HYPER，以及黑桃Q的WE75%以上時變成群攻能力，這也就是為什麼WE+5要買2個給他裝備的原因。

開戰後大家都HYPER，史派達普攻打下去可一回合就解決全部的針狀飛彈，賽克博士也因此變成只會使用召喚針狀飛彈，這場戰鬥就非常簡單了，其他人直接對賽克博士AT即可！本戰沒有任何獎勵，所以不用在意回合數。接下來就得直接打瘋狂鸚鵡螺。

瘋狂鸚鵡螺的特點是平時核心關閉，並且防護罩發動機率全100%，被射擊與格鬥攻擊的話還會機率性反擊。第三回合與其倍數時必用「瘋狂忘我」，然後打開核心，防護罩消失，因此本戰重點在於核心打開後的猛攻。

核心關閉時大家只丟高溫火焰，途中史派達幫麥西摩使用「HYPER修復程式」以撐到第三回合，核心開啟後，艾克斯與麥西摩再一起發動AT，在一開始高溫火焰猛丟的情況下，有可能他才開一次核心就被打爆，省下不少時間。個人在此以13巡結束戰鬥，在等級方面，艾克斯12>15、史派達13>16、麥西摩12>15、瑪莉諾15>16。之後席娜蒙加入，同伴可說是越來越多了。

第五話：非正規戰警集結

立迪普司上校傳來通訊，說在A6地區發現傑洛的蹤影，艾克斯聽聞傑洛依然生還，急著想獲得更進一步的資訊，可是通訊到一半就斷聯了，接著奈奈說A6地區就是烏魯法特生產工廠，於是艾克斯決定前往調查。

可以行動後，調查派遣結果並且再度派遣，最重要的目標是拉格拉諾廢墟的「拉格拉諾鑰匙」，雖然不敢確定這個機率，但幾乎是第二次派遣至拉格拉諾廢墟後可以獲得，其他地區也順便派遣一下，賺一點外快。接著到空中都市武器店買馬西蒙的「粉碎戰槌」，然後到FM店購買9個「WE恢復量+5」，1個「身體修復」，先不裝備，然後出任務。錢不要亂花，等一下另有用途。

來到烏魯法特生產工廠後沒走幾步就會響起警報，但似乎不是針對艾克斯等人，看樣子還有別的入侵者？第一個面對的機關是安全管制系統，當紅燈亮過後，會嗶嗶響3聲，這段時間可以行動，如果是在紅燈時行動，或者站著的位置剛好是警戒機械的降落點，便會觸發戰鬥，為了節省不必要的戰鬥，就耐心等待一下。這話也不用練級，遇到暗雷就跑吧，記得前鋒要有一位有裝備「避難」。

接著會出現一個神秘人物叫著艾克斯的名字，原來是變裝的艾克塞爾，他說這裡有對於複製的資料變身的能力的研究，於是就來調查了，可是找不太到什麼資料。艾克斯接著問有沒有看到傑洛，艾克塞爾說沒有，但也打算一起尋找，於是加入眾人。

接下來的輸速帶有強制戰，這時把前鋒換成麥西摩、艾克斯、席娜蒙。艾克斯裝備上於本地圖中取得的旋風砲，然後前鋒都裝2個WE恢復量+5。戰鬥時麥西摩與艾克斯直接HYPER後AT，這裡不用在意HYPER的消耗，因為等等要回基地，到時用維修床補滿。席娜蒙是本戰關鍵，HYPER後可讓大家的WE恢復量x1.25，而每人WE恢復量固定為25，乘以1.25後是31，再加上使用副武器「能量力場」可以讓全體WE+10，整體而言就是5+5+31+10=51！，大家都經過一輪的話，幾乎沒有出不了AT的問題。

戰鬥當中要注意普雷翁盾手和普雷翁護士，盾手一使用反擊護盾，就使用超過700點的格鬥攻擊打他（馬西蒙這時若要打他，則不用AT，改用「集氣裝置」後普攻），把反擊護盾這個技能中斷，以免受到重大傷害。而護士則是不要打死她，因為當只剩她時，她會幫我方+25%LE，之後會逃跑，並且「病毒注射器」掉落機率提高至25%，建議拼人品刷到「病毒注射器」，之後給席娜蒙裝上，提高一點速度。

至於兩個區域的輸速帶，建議把道具拿完，因為要讓席娜蒙至少升到LV10，以後開發FMG比較方便，而其過法如下。
第一區：左>上>右>變換方向>左>左>上
第二區：上>右>右>上>變換方向>左>上>左>變換方向>右>下>右>上>右>上

快走到最後一個儲存點時，可看到傑洛打算單挑馬赫紳士的過場，接著調查倒下的NPC，可獲得一些道具，再繼續往前方的正方形房間拿完道具，回頭去儲存，因為遇到傑洛後是無法回來儲存的，所以先搜刮一下。存完後，先回基地，調查一下派遣是否有拿到「拉格拉諾鑰匙」（拿到後會顯示在道具>關鍵道具當中），如果有，就前往空中都市的傳送中心回到拉格拉諾廢墟，去隱藏商店的武器店購買要價10,000Z的「靈光劍」（所以錢不要亂花），若錢不夠，可以賣掉舊武器和道具。至於哪些可賣？道具可賣的有解異常狀態系、XX強化程式（不是XX強化工具，注意！），武器可賣舊的主武器，副武器可賣各種飛彈，FM可賣僅+1能力的。隱藏商店是個關鍵，如果依然沒有拿到「拉格拉諾鑰匙」，那就再度派遣，到處閒晃吧。

於隱藏商店採買完後，記得使用維修床治療，再度回到烏魯法特生產工廠，儲存完後，觸發劇情救出傑洛，接著把前鋒換成麥西摩、傑洛、席娜蒙。武器方面讓傑洛裝備「靈光劍」。副武器方面，席娜蒙自帶的「能量力場」一定要有，其他人不動。在FM方面，麥西摩與席娜蒙都裝2個「WE恢復量+5」，傑洛裝1個「WE恢復量+5」和「WE+5」這時席娜蒙有LE低下的問題，為避免意外，另外裝「身體修復」（CH3有１個，若已用掉，這話一開始也可以去買）。還要注意的是傑洛現在的裝備狀態會到CH6發生劇情後才能再換，為避免意外，FM還是不要超過侵蝕值。

馬赫紳士的攻擊模式不用記，雖然受到超過1000點傷害會降落至地上，但這也不是重點，因為接下來的戰術可以忽略這些東西。開戰之後大家都開HYPER，無視兩旁雜魚，麥西摩一直用AT打馬赫紳士，可打約3000點，傑洛的AT僅出對空命中率極高的「零式昇龍斬」（不用裝備「鷹眼」），50%WE約可打出6000~7000點，如果使不出「零式昇龍斬」，務必多加練習，因為這招真的很好用！

至於如何讓這兩位一直用AT？除了先前裝備的FM以外，席娜蒙是關鍵！原因在輸送帶強制戰那邊已經有說明，本戰席娜蒙不進行攻擊，每回合均僅使用「能量力場」後就取消動作。如此AT狂用下來，很快就能打倒馬赫紳士。個人在此以17巡結束戰鬥，除了席娜蒙等級升至14以外，其他人等級大約是17~19之間。

接著是連續4場雜魚強制戰，但有偷吃步的打法，第1戰僅打死3個雜魚，然後一直防禦，或使用無威力的副武器後取消以拖時間，拖到一定程度後就會進入劇情，不用連續打4場戰鬥。

打了幾場戰鬥，但是眼前的機械依然持續生產普雷翁出來，此時艾克塞爾心生一計，變成馬赫紳士命普雷翁停止攻擊，此招果真湊效，艾克斯與傑洛也趁此機會連攜攻擊破壞機械。三人很高興彼此重新聚在一起，艾克斯還說要介紹新同伴給傑洛，傑洛的表情卻變得嚴肅起來...

第六話：朋友的條件

傑洛由於先前夏德背叛一事，相當抗拒新同伴，即使老友艾克斯相勸也沒用，只得任由傑洛獨自行動。接著立迪普司上校傳來通訊，說在某處有敵人的秘密研究所，有超FM的資料，但這一次也是通訊到一半就斷聯，奈奈說調查需要時間，這時只能出門，然後會看到一個奇怪的閃光，接著史派達從中走出，見到艾克斯後打了個招呼，艾克斯似乎也沒發覺有何問題，不久後，奈奈找到了立迪普司上校所說的地點，便是「幾米亞拉採礦所」。

這時才算是能夠自由行動了，回頭找奈奈查看派遣成果並且繼續於各地派遣，再到FM店買9個「WE+10」，接著讓艾克斯裝備馬赫紳士掉落的「烈火砲MKII」，還要確認「冰結砲」還在，若之前賣掉了就找雜貨店買，然後就出任務。

這裡先假設各位沒有特意去賺錢，因此買得不多，若各位金錢充足，可先繼續往下看攻略，看看下面敘述還會到哪裡買什麼東西，看完後再在這個時間點先買好，就不用之後再回基地一趟。

來到幾米亞拉採礦所後也不用練級，首先要做的事情是到B2的右下角拿到「黑桃A」，然後給史派達裝備上，前鋒換成艾克斯、艾克賽爾、史派達，三人裝滿「WE+10」，再到左下角觸發戰鬥，重點是三人都要使用全體攻擊來個一口氣全滅，以免這三頭豬因同伴掛點而使用更強的攻擊，艾克斯直接AT集氣砲，史派達先HYPER，然後利用黑桃系WE75%以上變為群攻的特性來攻擊，艾克賽爾HYPER後用AT變成銀色巨角或馬赫紳士，若順利的話可能才2人行動就全滅。

拿到噴射零件後，進行衝刺時便可破壞岩石，並且前往B2中央上方開啟前往B3的開關，接著把前鋒換成麥西摩、席娜蒙、艾克斯，而且艾克斯一定要在第三位，非常重要！除此之外3人都裝滿「WE恢復量+5」，如果艾克斯還有空格，就裝WE+10，然後記得先在B2儲存。

來到B3後便要與因追求超FM力量而背叛朋友的夏德戰鬥，他在集氣時，打超過1600點可中斷，雖然在開HYPER後這招沒威脅...。開戰後大家都HYPER，戰法與打馬赫紳士同，都是席娜蒙幫大家加WE，另外兩人狂用AT，需注意的是這場戰鬥沒有獎勵，而且還有下一戰，因此當席娜蒙和麥西摩HYPER剩1時要使用「HYPER修復工具」，好進行下一戰的準備，若LE不足要趕緊補。

打完第一戰後，劇情顯示眾人打不贏得到超FM力量後的夏德，而當夏德正要取艾克斯的項上人頭之時，傑洛剛好衝出來解圍，夏德驚訝傑洛竟然還沒死，隨即便是第二戰。第二戰的特點是傑洛強制加入，而且裝備是打馬赫紳士時的狀態，第三人被擠到後衛去，不過打法跟前一戰一樣，而且傑洛的AT比艾克斯強太多了。

夏德被打趴後，傑洛正要對艾克斯說教，說艾克斯對於同伴這件事看得太天真云云，沒想到夏德還有一口氣，打算做最後掙扎，說時遲那時快，史派達捨身擋下夏德的攻擊，並且給予夏德最後一擊，但也因此導致右手受傷，然而史派達說這沒啥大不了，繼續深入比較重要，此番行為感動了傑洛，也讓傑洛重拾對同伴的信任。

接下來是要到B3的中間上面的地方協助一位名為「監工」的NPC幫大家換回正確顏色的鶴嘴鍬，跟他講完話後，根據地圖上ABCD的NPC編號對話，再回頭找「監工」對話，便可開啟前往B4的電梯開關，最後會留下一個「白色鶴嘴鍬」在關鍵道具欄當中不知做何用...

B4的頭目閘門被三種屬性的鎖給鎖住，必須到旁邊的房間去解決三屬性兵，他們是進行談話後才會開戰，所以可以放心接近。這裡有個重點，就是液體人被水打到不會回血，而且還會凍結。個人在此把前鋒設為艾克斯、麥西摩、傑洛，FM全裝WE+10，戰鬥中只有艾克斯需要開HYPER，打法如下：

雷電人x2、火焰人x1─先開AT解決火焰人，然後丟「超高溫火焰」，再個別用AT解決。
火焰人x2、液體人x1─先丟「超暴風雪」，按著普攻+集氣或幻影，開AT解決火焰人再解決液體人。
液體人x2、雷電人x1─艾克斯先裝備「冰結砲」，然後不要HYPER，直接AT集氣砲輕輕打一下，另外兩人開AT或集氣、幻影等，解決雷電人，最後丟「超高壓電擊」解決液體人。

本段敘述就是前文所說如果各位比較有錢，可以先照以下方式行動再來進行此話的一段，不用回基地。

打完三屬性兵後不急著去打安榭塔斯，回基地到空中都市前往拉格拉諾廢墟的隱藏商店，史派達裝備「梅花J」，艾克斯裝回「烈火砲MKII」，其他武器全賣掉，副武器全賣「飛彈」，道真賣解異常和戰鬥時+25%能力的，目的是買下價格32,000Z的「干涉權杖」給麥西摩，接著回到空中都市武器店買4,600Z的「火焰劍」給傑洛。

重新進入幾米亞拉採礦所，到礦坑內部去，然後前鋒換成麥西摩，副武器至少裝1個「集氣裝置」，其餘2位前鋒格鬥與射擊系的各一，然後目的是要遇到「小矮兵司令官」，射擊系的把飛行型雜魚打掉後就改打地上型，格鬥系的打死除「小矮兵司令官」以外的地上型敵人，並且攻擊一下「小矮兵司令官」使之翻身，再來麥西摩HYPER，使用「集氣裝置」後AT，目標是打出1萬點以上，以習得AT的第四條能力。如果這樣子還打不出1萬多點，先看看是不是沒有發生「重擊」，如果是這樣，就再試一次，若真的是有「重擊」還打不出來，就讓麥西摩裝備2個FM「力量+3」，「集氣裝置」用2次（集氣後取消時，氣可留到下一回合），理論上夠打出1萬多點。

在打安榭塔斯前把前鋒換成麥西摩、席娜蒙、傑洛，FM都裝WE+10；在副武器方面，麥西摩至少裝1個「集氣裝置」，席娜蒙裝「能量力場」，傑洛裝2個「幻影」，然後儲存。要這樣做是因為安榭塔斯每回合都會變換屬性，要抓準在雷屬性的時候利用屬性相剋重重地打下去，「火焰劍」便是為此而準備的。

安榭塔斯出現後，笑說眾人中計，這裡可沒各位想要調查的東西，並且鎖住閘門，與眾人一戰。開戰後大家都HYPER，戰術跟打馬赫紳士時差不多，但是麥西摩先集氣後取消，積到下一回合，傑洛也是等WE100%後再開2個「幻影」後AT，一直出零式昇龍斬，大約可打快2萬，一半多的血！再來麥西摩再集氣一次後開AT，可打1萬3左右，接著差不多可發動FS，10回合內便可結束戰鬥。這裡有個重點，就是傑洛要儘可能插隊到安榭塔斯的第二與第三回合內行動，開戰時若發現這兩回合內沒有傑洛的頭像，就要採取防禦，以加速行動。

安榭塔斯被打敗後，啟動了自爆裝置，艾克斯見情況不妙，猛朝閘門射擊，卻半點用都沒有，史派達見狀，抓住朝笑眾人的安榭塔斯走向閘門，說以兩位思考型機器人的爆炸威力，應該就可以突破閘門了！艾克斯與傑洛想制止史派達，但只見史派達說「之後就拜託你們了」，便拿起手牌自爆，至此史派達永久離隊─個人在這裡眾人LV介於18~21之間。

第七話：攻擊基地台！

為了能夠跟位於本國的立迪普司上校報告超FM一事，必須破壞解放軍的干擾源，而這平擾源便是位於「巴拿利亞大沙漠」的基地台。

可自由行動後，再度調查派遣情況，如果能拿到高迪爾研究所的副武器「合成裝置」是最好，派遣這麼多次十之八九應該是已經拿到了，再來到空中都市前往拉格拉諾廢墟的隱藏商店買到身上至少有2個「超暴風雪」，若想保險點可買到4個；再回空中都市的雜貨店購買「冰光劍」與「雷光劍」後就出任務。從這話開始雜魚越來越難纏，非頭目戰時前鋒都換成速度快的，並且其中一位要裝備「避難」，以確保暗雷戰可逃跑成功。

本話流程很短，一進入「巴拿利亞大沙漠」後便可看到視線非常差，但是沒有關係，直接看地圖，看看各個物件的相對應的位置即可，雖然說正常流程是要調查柱子的能源百分比，再朝管線方向走，不過直接前往劇情觸發點也是沒問題的。

不久，費拉姆跟眾人照了個面，本來眾人要進行戰鬥，卻沒想到被流沙吞噬，費拉姆也以為眾人死定，拍翅飛走；不久眾人發現流沙下面剛好就是敵人的基地，於是繼續行動，波羅克也發現費拉姆沒有先確認眾人死亡就跑了，說費拉姆該負起責任，刀疤鐵面則表示會傳話給費拉姆，並且要波羅克守好這裡。

在B1這邊有三道閘門，分別對應不同數量與顏色的開關，裡面的道具不錯，可以解解看。接著先搭電梯到1F，此時只有左上角的房間可以進入，這邊也是個機關，各位可再看一下地圖，上有標示雷射路徑與鏡子，在此之前先解道具鎖，有射到就是已經解開了（道具在2F，現在看不到），之後再轉到控制盤，這邊的要點是先把後面路線的鏡子先轉好，如果先轉比較前面的鏡子，雷射可能會射到雜魚出現的裝置上去噢！所以要先從後面路線的鏡子開始轉。

轉成功後，到2F的左上角調查開關，如此一來1F的其他三個房間的鎖方能解開，之後便是要再回到1F去轉其他三個房間的鏡子，再回2F其他三個房間調查開關，如此一來才能前往3F去打波羅克。2F開關都解開後，波羅克會跟眾人通訊，這時先回B1儲存，因為直上3F就是頭目戰，這裡我將前鋒設為傑洛、艾克斯、麥西摩，武器與方面只把傑洛的給換成冰光劍，副武器方面讓麥西摩裝備「合成裝置」，其他人照舊，FM方面傑洛與麥西摩裝滿WE+10，艾克斯裝2個WE+10，2個力量+3。

來到3F，波羅克很得意地展示超FM，並且裝備之來戰鬥。他的特性是有很高機率先召喚2台Q發射器，之後再使用其他技能，因此可以利用此點一直破壞Q發射器，讓波羅克出不了招，關鍵在於出任務前買的「超暴風雪」，用2次便可破壞；打法是全員HYPER後，艾克斯與傑洛丟「超暴風雪」，麥西摩使用「合成裝置」與「集氣裝置」後取消，再來波羅克會再召喚一次Q發射器，這一次就不管了，艾克斯直接AT，傑洛1次或2次「幻影」後AT，麥西摩使用「合成裝置」與「集氣裝置」後AT，之後差不多可FS。個人在此以8巡結束戰鬥，全員升至20-22級。

打敗波羅克後，超FM也掉了，只得沒命地逃跑，超FM被艾克斯取走，高迪爾博士一聽到超FM這個東西，直言要趕緊解析這到底是什麼玩意。

第八話：最終武器

高迪爾博士研究過超FM後，發現其能量將近一般FM的1萬倍，要做出這樣的FM，只能說在某處有特別精製FM的場所，而這個地方，便是「美爾達礦石工廠」。

可以行動後，若各位先前在第7話就有買好道具，現在調查一下派遣結果後就能直接出動。來到「美爾達礦石工廠」後，刀疤鐵面跟費拉姆說艾克斯一行人未死之事，費拉姆也驚訝其生命之頑強，並且打算守好這裡的秘密；接著高迪爾博士要眾人調查這個地方到底在做什麼，剛好有幾個小窗戶可以調查，不過不調查小窗戶並不影響主線，可以不管，繼續搭乘電梯往下，到達「飛彈發射裝置閘門控制系統」處後會觸發劇情，高迪爾博士發現這是一個彈頭搭載超FM的巨大飛彈，若任其發射成功，保守的說也會導致北半球發生大規模思考型機器人非正規化事件，是非常恐怖的陰謀！必須趕緊拆下超FM！

繼續搭乘電梯往下，於儲存點前把前鋒換成艾克斯、麥西摩、傑洛後儲存。接著會遇到波羅克，艾克斯等人表示必須拆下超FM，阻止飛彈發射！而波羅克說如果要打開彈頭，必須要有2位三幹部的鑰匙，然而也不會讓艾克斯等人得逞！

這戰波羅克HP只有3，打一下後就會逃跑，追上去後他會變出破羅克後逃跑，破羅克LE只有16,000，用之前打波羅克的打法很快就能贏，而打破羅克的價值在於會100%掉落「誘餌」，以後會用到。波羅克會分身2次，第一次分身時右邊的門是破羅克，第二次分身時左邊的門是破羅克，打第二次出現的破羅克就夠了；若是去追波羅克，波羅克會直接逃跑，留下來的Q發射器直接用AT打掉即可。

第三次追到波羅克時他不分身了，直接逃跑後鎖門，此時只有一條路可走，注意那條路是BOSS戰，把前鋒換成麥西摩、席娜蒙，傑洛，雷光劍記得裝備，FM方面先裝WE增加量+5，超過限制就改裝WE+10，然後要在之前一個電梯處儲存。

費拉姆的特性是會使出分身，打超過1800點可取消。戰術上跟打馬赫紳士時是一樣的，只是她血多防禦高，會打比較久。這戰個人以15巡結束戰鬥，眾人等級是22~24之間。

接著費拉姆墜落，艾克斯等人打算跟下去要鑰匙，但波羅克早了一步，跟費拉姆講伊普西隆總統說計劃取消了，要收回超FM，費拉姆有些驚訝但也不太相信，說要跟刀疤鐵面確認一下，可波羅克說不用，強行取出了費拉姆體內的鑰匙！艾克斯等人趕到時，費拉姆說已被波羅克搶走，眾人只得再去追波羅克。

動畫結束後要手動操作走到最上層，這時波羅克解開彈頭鎖，很得意的說只要有這個超FM，就連伊普西隆也不放在眼裡，突然身旁出現了似曾相識的身影，嚇得波羅克魂不守舍，直打哆嗦。直到眾人前來時，波羅克已變成廢鐵，超FM也不見了...究竟，是誰奪走了超FM？

第九話：決戰時刻

回到基地不久，艾克斯跟立迪普司上校進行通訊，上校得知超FM一事後，說將親自率領部隊前來基坎提斯調查，但這時又斷訊了，原來發生敵襲。這時把前鋒換成艾克斯、傑洛、麥西摩，並且讓傑洛裝備火焰劍，艾克斯裝備2個「集氣裝置」，然後全隊裝WE+10後進行儲存，再搭乘空中巴士，因為搭乘空中巴士後就直接是戰鬥。

入侵者是刀疤鐵面，他以為彈頭的超FM是眾人搶走的，隨即出手。這戰可以敗北，不想打的話直接讓他打死就行了。若真要打，必須知道他的特性是會對同一種攻擊開啟防護罩，因此要格鬥與射擊交錯打，但副武器並不在此限，個人在此讓艾克斯上陣，就是因為他是不受WE限制，主武器可以在射擊與格鬥之間自由切換的一位（艾克賽爾的AT是可以自由切換攻擊方式，但受WE限制）。

平常狀況下，艾克斯HYPER後只使用「集氣裝置」再用「碎殼砲」後取消，傑洛與麥西摩打法照舊，但是有時傑洛可能有兩個回合當中沒有麥西摩的回合，這時艾克斯便可取消HYPER，然後看WE多寡使用1或2次「集氣裝置」後射擊，好讓刀疤鐵面受點傷的同時變換防禦模式。個人在此以7巡結束戰鬥，全員升至20~22級。

打完後刀疤鐵面才知超FM不在眾人手上，而且對於艾克斯等人的強勁感到佩服，至於艾克斯質問為何要使用超FM飛彈這種極端手段的問題，正氣凜然地說這是為了解放軍的理想、思考型機器人的進化，難道思考型機器人難道就只能依附人類而進化嗎？思考型機器人可以獨立於人類之外而自我進化，不是只是機器！還說艾克斯是個好敵手，可惜理念不合，接著就藉由傳送離開了。之後奈奈分析刀疤鐵面的傳送資訊，得知是到「格雷甫遺跡」去了，相信那邊就是解放軍的根據地。

可以自由行動後，再度調查派遣狀況，接著到空中都市去回到「美爾達礦石工廠」，去波羅克被爆頭那邊的後面房間拿「合成裝置」，如此一來便有2個合成裝置了（另一個是要靠派遣到「高迪爾研究所」去拿，早期就要一直派遣），旁邊的機關砲MKII雖然後面用不太到，但拿了也可去賣錢；然後，在這邊可以遇到禮物盒，可以碰碰運氣看能不能讓他留到第四回合再擊倒，以拿席那萌最強武器「貓爪拳套」，雖然後面用不太到，但也可試試，運氣太差就算了。

回空中都市後，FM店買9個WE恢復量+10、3個反侵蝕金屬20，雜貨店買「雷射光輪S」，武器店買1個「四連裝飛彈」，然後調查一下身上有否「二連裝飛彈」，若沒有就再到雜貨店隨買一個，這些都是頭目戰要用到的，買完後暫時不裝備。若各位的版本是GC版，還要注意一件事情，就是如果想集齊GC版才有的扭蛋的話，必須到中央塔最高處的停機坪去拿寶藏硬幣，這個寶藏硬幣在CH10會因劇情而拿不到，CH9是最後的機會！上述行動都完成後就出任務。

「格雷甫遺跡基地」的特色是機關多，第一個機關是很麻煩的警報裝置，必須去接觸後觸發戰鬥，戰鬥結束後光束會變成藍色，再慢慢變變黃，最後變紅，要把該通道的光束都變成非紅色的，門鎖才會全開，並且必需在限時內通過；不同通道的光束速率不同，有的地方的光束甚至剛戰鬥結束就是黃色，所以衝刺很重要，還好這些戰鬥都是可以逃跑的，記得前鋒要有人裝備「避難」，最好給瑪莉諾裝備。

第二個機關是旋轉房間，藉由兩個控制盤旋轉，旋轉完後必須出門再回來才能繼續旋轉，若想拿到全道具，旋轉方式為L2次>R1次>L1次>R2次>L1次>R2次，而若是要趕時間，R3次即可，途中遇到的敵人可以逃跑不打。

快到頭目房時有普雷翁S伊普西隆的強制戰，這邊把前鋒換成艾克斯、傑洛、麥西摩，FM都裝WE+10，開戰後全員HYPER再AT就好。之後要到兩側通道盡頭解鎖，才能前往頭目房，前鋒不用再換，武器部分把傑洛給換成「火焰劍」（靈光劍與Z光劍+++太重，經測試過後發現有容易打亂行動順序的現象，故不考慮），瑪利諾換成「雷射光輪S」，副武器務必讓傑洛與麥西摩各裝備1個「合成裝置」，再分別裝備「幻影」和「集氣裝置」，艾克斯裝備2個「集氣裝置」，瑪利諾裝備「四連裝飛彈」和「二連裝飛彈」；FM方面前鋒都裝WE恢復量+10，會侵蝕就裝反侵蝕金屬20，或者是換WE+恢復量5，瑪莉諾也裝WE恢復量+10，若還有空格或有侵蝕問題，就改裝WE恢復量+5或WE+10。

與伊普西隆再度碰面，伊普西隆說艾克斯等人以為解放軍計劃失敗了嗎？自己身上還有一顆超FM，屆時將藏身彈頭之中，重新啟動計劃！艾克斯無法認同伊普西隆的行徑，發射了一砲，卻被刀疤鐵面擋下，說伊普西隆總統不能死，說趁這個機會趕緊逃跑，隨即跟眾人戰鬥。雖然說第二戰刀疤鐵面比較強，但是打法跟第一戰一樣便不解釋。刀疤鐵面為了理想而戰死，可是伊普西隆並沒因此逃跑，還說如果越不了艾克斯等人這個障礙，如何完成理想？「解放軍總統，伊普西隆參上！」

伊普西隆戰分兩場，但巡數一起計算，主攻還是傑洛與麥西摩，艾克斯負責輔助，當有人被「聚合粉碎」攻擊時，艾克斯就在伊普西隆下一回合行動前幫忙補滿血，以免他接著出群攻把同伴打死；第一戰伊普西隆的防護罩發動機率是全25%，所以攻擊效果不一定好，不過若運氣好，三人都HYPER並且都用1次AT，就可以發動FS以打完第一戰，各位可以試試看；把他血打空後要等他的下一回合，中途打他沒啥用，這時使用「合成裝置」補一下WE後取消行動，接著他會發動「奧米加能量」解放超FM威力，第二戰直接開始。

第二戰的特點是超FM會讓他的防護罩發動機率變成全100%，並且還附加回復殘餘LE50%的能力，非常猛，但是打30HIT可以讓超FM失效，所以第二戰的重點在於如何迅速打出30HIT，這時就讓艾克斯有請瑪利諾登場並且HYPER，把整個行動條占滿，然後使用主武器和副武器的多HIT攻擊，打到30HIT，若不想算HIT，就看最上方顯示的訊息，當第二次出現超FM弱化的訊息，便可換回艾克斯，沿用第一場的戰鬥方式打下去即可戰勝。個人在此全員升至26~27級。

打敗伊普西隆後，艾克斯繼續質問何以手段要如此激烈？難道沒有別的方法了嗎？「在被聯邦政府視為非正規品的我們，你認為我們還有什麼辦法呢...？」這時傑洛指示艾克斯該結束了，艾克斯發射了一砲了斷伊普西隆，並且撿起超FM。這時立迪普司上校說因感應到超FM而前來，艾克斯將超FM交給上校保管，上校若有所思地看了一下超FM並且收起來，稱讚艾克斯這趟任務做得很好，將派飛空艇來迎接艾克斯等人回基地；伊普西隆叛亂一事可說是已然落幕，但故事還沒完...

第十話：在正義的名義下

這話的任務目標是前往停機坪等待立迪普司上校派遣的艦隊以準備回國，因此找奈奈是沒有任務可接的，只能談話、開啟派遣、前往天空展示室，前往停機坪就是一連串劇情無法回頭，所以還是先去做別的事情。

首先要確認派遣狀況，最好是能挖到三種「X反轉」FM（CH5~7），以及「完全反制」（CH7），然後去購物，雖然說之後還能買，但現在買也行；到空中都市去購買傑洛有+號的三屬性劍、「艾克賽爾雙槍III」，而若之前刀疤鐵面第一戰沒打贏，要多買「衝擊長槍β」。之後還要想辦法取得副武器「噴油槍」，這東西非常邪惡，除了必中以外，還可以強制令目標的火屬性傷害變成150%，不管原本屬性為何統統都會變，連頭目也無法倖兔，但它只有「普雷翁能源槽」會掉，而且掉洛率只有2%，很難凹，如果覺得太困難可以乾脆放棄，只是這樣子的話對於之後沒有屬性弱點的頭目戰會比較辛苦，至於「普雷翁能源槽」的出現地點，可以到CH5最後一個儲存點附近去找他，遇到後不用全滅，打完就走，看看有沒有刷到這樣。

以上都準備完後，就儲存，走向停機坪吧。來到停機坪後，艾克斯覺得雖然任務結束了，但對於那個沒找到的超FM耿耿於懷，從伊普西隆的語氣來看，似乎他也沒找到的樣子...？這時艦隊突然發射大砲，轟死了亞爾司令！還派出一堆紅色車輪攻擊！眾人在一陣慌亂之下只得反擊，不久立迪普司上校不知為何，竟然透過媒體說艾克斯等人圖謀超FM，並且發動背叛者通緝令。對於上校的行為，眾人均感到遭受背叛，因此打算潛入上校的所在「極東司令部」當面對質。

來到「極東司令部」後便無法回頭，前面有商人，但不用理他，直接進入建築內部還可看到商人，但賣的東西跟空中都市一樣，因此不用管，在此將傑洛的武器換成「火焰劍+」，麥西摩不用動，FM方面都裝「WE恢復量+10」，若會侵蝕就改裝「WE恢復量+5」、依然不行再改「WE+10」或「反侵蝕金屬20」。至於第三人，根據戰法不同，可以是艾克賽爾或席娜蒙，下面繼續說明。

第三人為艾克賽爾的戰法：艾克賽爾最大的特點是HYPER後無敵，再使用「誘餌」，可讓頭目的單體攻擊徒勞無功；武器裝備「艾克賽爾雙槍III」，副武器裝備「集氣裝置」與「誘餌」，若遇到無屬性頭目，再把「集氣裝置」換成「噴油槍」，FM先裝WE恢復量+10，發生侵蝕就改裝WE+10；戰術為上場後HYPER，然後使用「誘餌」，接著可針對頭目弱點，變成相對應的頭目來攻擊，或者使用「集氣裝置」後再用雙槍。

第三人為席娜蒙的戰法：席娜蒙的特點是除了有各種方法幫我方增加更多WE以外，還有抵抗值最強，因此能裝「X反轉」這種強力FM，使用「誘餌」後，頭目的屬攻打下去都變成回血，豈不樂哉！但缺點是各位必需在此之前勤於派遣，因為「X反轉」只能靠此手段取得，不然就只能到商店買「X防壁」加減用；武器裝備「貓爪拳套」（如果有），副武器裝備「能量力場」與「誘餌」，若遇到無屬性頭目，再把「誘餌」換成「噴油槍」，FM裝WE恢復量+10，再留一格裝「X反轉」或「X防壁」，副武器都用掉後還可用貓爪多抓幾下，威力不比艾克賽爾低。

再來是4位頭目逆襲戰，左邊有個區域能進行購物、治療和儲存，打完某頭目後可至該處進行準備，再行下一戰。進入傳送點時要注意傳送後，除非打倒頭目，否則無法回頭。銀色巨角的話要讓傑洛裝備「雷光劍+」，麥西摩裝備「衝擊長槍β」，針對電屬性弱點攻下去。接著可去打安榭塔斯，這樣就不用中途換武器，趁安榭塔斯轉成水屬性的瞬間用雷屬性狂殺！打瘋狂鸚鵡螺時，還是得注意核心關閉時不使用主武器，艾克賽爾或席娜蒙這戰要用「噴油槍」，然後核心關閉時大家可只做防禦，或丟「超」系列三屬性道具，而麥西摩在瘋狂鸚鵡螺的第三回合前要集氣一次，核心開啟後就狂轟吧！馬赫紳士的話，傑洛換「冰光劍+」即可。

至於深海龍騎兵，戰前要把艾克賽爾或席娜蒙給換成瑪莉諾，然後裝滿「WE+10」，因為要用AT使出「百發百中」來偷麥西摩的最強武器「獅子奮迅」，更不要說這武器是火屬性！偷到了以後換人回來，打法照舊。快到達上校所在處前的儲存點是最後一個，最好儲存。

終於來到上校的所在後，艾克斯質問上校的所作所為究竟有何目的，但上校的回答盡是不著邊際，「立迪普司！你...你...這個非正規品！」艾克斯此語激怒了上校，戰鬥就此展開─

上校的模式特性是先召喚2個紅色車輪，然後進行防禦，不過這戰可能比想像中還簡單，先別管紅色車輪了，艾克賽爾或席娜蒙對上校噴油，之後傑洛與麥西摩以AT猛攻即可輕易得勝。

打倒上校後，沒想到上校竟然變身成了史派達，令眾人大為震驚！「你所說的史派達，不就正是我嗎？」原來上校也有DNA變身能力，一直都在眾人身邊，利用「友情」跟眾人玩了一場遊戲來達到他的個人目的，隨即攻擊呆住的傑洛，踏入傳送器跑了，傑洛自覺中計，氣得咬牙切齒，艾克斯提醒傑洛趕緊跟上。個人於此升至30~31級

前面便是最終戰，沒有儲存點，各種強化工具可依各位喜好吃，個人在此提供的是沒有吃強化工具的打法。最終戰分2場，第一場贏不了，真要打也沒意義，而且到一定巡會觸發劇情，所以第一戰重點是一直消耗巡，個人於此撐過第一場的方法很簡單，就是第三人換成瑪莉諾，而瑪莉諾的主武器一樣是「雷射光輪S」，副武器裝備「鷹眼」與「噴油槍」，FM裝一個「完全反制」，再裝滿「WE+10」。

來到宇宙超高空，只見上校已經準備好超FM，並且藉此進化成「狂神立迪普司」！第一場戰鬥我方能行動後，瑪莉諾馬上HYPER，幫大家補滿LE，然後一直防禦來拖回合，順便對他偷「超FM碎片α」，HYPER剩1就吃「HYPER修復程式」，很快就觸發劇情。

眾人不敵狂神立迪普司，而當狂神立迪普司正要終結眾人時，突然費拉姆從後方出現，企圖拔下超FM，狂神立迪普司一個用力把費拉姆打了下來，卻也同時導致超FM脫落，正當想撿起之時，艾克斯等人抓到了攻擊的機會！

第二回戰一定會發生敵襲，所以只能硬食，若撐不過去就只好重打，若能撐過去，本戰便可很快結束！如果瑪莉諾有裝「完全反制」，便不怕中異常狀態，還可用「全方位完全修復工具」幫大家解決異常。這戰重點在於得先把左肩的超FM打掉，才能解除狂神立迪普司的防護罩。首先一樣是瑪莉諾HYPER，接著使用「鷹眼」再攻擊超FM，順利的話兩個回合就能破壞（一回合也有可能，但要看「重擊」有無重複發生，機率很低），接著可偷「超FM碎片β」，然後冷卻，用「噴油槍」後取消，傑洛與麥西摩於此便可HYPER後開AT狂殺，在「噴油槍」的威勢之下，傑洛與麥西摩都只需行動一次便可發動FS，迅速結束。

艾克斯等人徹底粉碎了上校想當神的春秋大夢，然而氣若游絲的上校依然堅持自己的看法，他認為思考型機器人應該獲得進化，而不是像現在這個樣子一成不變，像艾克斯等人這種只願意活在固有環境的，才是非正規品！當然爾，對艾克斯等人而言，是不可能認同上校這種激進想法的。

故事隨著上校的斷氣於焉來到尾聲，費拉姆抱著超FM，打算將之丟到宇宙當中，艾克斯似是想挽留，然而這個平台正逐漸朝地球墜落，再不躲到艙內的話就危險了，艾克斯想帶費拉姆到艙內，然而已失去人生意義的費拉姆，選擇自我了斷，縱身躍入了大氣圈，艾克斯在這場戰鬥當中了解到解放軍並不邪惡，只是立場不同而無法，對於沒能救到費拉姆而相當自責，但眼下也只能進入艙內避難。

超FM在大氣圈當中炸裂，化成了一條條的流星，照耀著被艦隊蹂躪的基坎提斯，艾克斯等人也平安降至海面上─

聯邦政府歷史紀錄：「西元22XX年，人工島基坎提斯思考型機器人叛亂事件，在非正規戰警的強行偵查小隊活躍之下順利解決了。聯邦政府首謀者─立迪普司上校已判定為非正規品，至於解放軍總統伊普西隆─保留非正規品的判定。」

～洛克人X指令任務‧全文完～

提亞納海底收容所隱藏房間─拉芙蕾西亞：每回合強化一次能力，至於兩旁的孤挺花，則是受擊時會強化能力。但這個時候再打的話會覺得她超弱，運氣好的話噴油後一次AT就能發動FS結束掉，孤挺花就更不用說了。

美爾達礦石工廠隱藏房間─大槌鴨嘴獸：會用火攻擊自己來強化戰力，若遇到水攻會降低活力，只剩一隻時會使用「破盾擊」，不過使用噴油槍戰術的話這些都是浮雲。

中央塔999F隱藏房間狐妖：鑰匙在破關後才能取得，有一尾~九尾的9次戰鬥，打法分別敘述如下。

一尾：每回合回復殘餘LE的50%，並且可能一開始就來個「滅殺波動拳」下馬威，我方剩一人時會機率性幫忙復活，不過一尾還算弱的，可以用傑洛+席娜蒙+麥西摩的噴油槍+WE提昇+火屬性武器戰術戰勝，這種打法到三尾均適用。

二尾：有2隻，每回合以雷>水>火的方式變更屬性，首先對一隻噴油後集中破壞，按著的第二隻可趁他剛好轉到雷屬性時打下去，若錯過時機就噴油。

三尾：有3隻，但也還好，一隻一隻噴油即可。

四尾：突然變很難，而且血量很高，對同一類型的攻擊還會開啟防護罩，難以短時間取勝，因此第三人該換成艾克賽爾不可了，後幾戰需要用到他的隱形能力，副武器一定要裝「誘餌」和「噴油槍」，除此之外大概該吃HYPER強化工具了，我這邊是讓傑洛、麥西摩、艾克賽爾均吃到能使用5次，比較保險，但吃下去後不會補滿，因此必須回去躺維修床，並且再到雜貨店去把「備份程式」買滿。開戰後可能還是難免有人一下就陣亡，但是不用緊張，如果全掛就重打，若仍有人活著，就換成瑪莉諾後HYPER，使用「備份程式」讓戰死的復活，若當中有人沒掛但LE沒有滿，就再使用副能源槽補滿LE，完事後就換回先前的人，繼續使用噴油槍戰術，並且必須格鬥與射擊交錯打，後面幾個妖狐戰若再遇到有人掛點，就呼叫瑪利諾，以後不再贅述。

五尾：有3隻，但紅蓮劍在手，根本不放在眼裡，若兩個副武器都裝「幻影」，連噴油都不用就能打到發動FS，若遭到自爆攻擊就叫瑪莉諾幫複。

六尾：血量超高，第10回合會LE回復MAX，並且大幅強化能力，但第20回合時自爆，打法同四尾即可。

七尾：有2隻，每回合會回復殘餘LE的25%，而且被攻擊就會有所強化，所以艾克賽爾要注意攻擊時機，最好是在目標能行動前就由另外兩位打爆的話再補槍。

八尾：有2隻，會專攻HP最低的角色，打法同舊。

九尾：每回合回復殘餘LE的25%，並且多了名為「碎九」的單體攻擊，但可靠艾克賽爾反制，戰法依然同四尾，雖然是最後一隻，但LE尚屬中等，所以也是能很快解決。