CM

標題畫面

開新遊戲
讀取進度
系統設定

另外PS2版當拿到X8體驗版鑰匙後，在最下方會多出X8體驗版的選項

存讀畫面

有2張記憶卡插槽可供選擇，一張可存8個欄位。

左邊紀錄最新儲存進度(NEW)、欄位編號、儲存日期、破關有無(CLEAR字樣)。

右邊紀錄當前話數、所在位置、遊玩時間、艾克斯等級、在隊同伴。

系統設定

訊息速度：快、中、慢
震動設定：有、無
聲音設定：單聲道、立體聲
聲音大小：人聲、音樂
字幕有無：開、關
Z(L1)鍵設定：防禦、強化模式、逃跑、調查、輔助能源、道具

地圖選單

開啟地圖選單後可以得知當前於地圖當中的所在位置，也可以藉由各種按鈕來切換位置與樓層，減輕迷路的情況。

遊戲基本流程

除第一、第二、第十話是特例外，均是從司令室開始一系列的行動
每話過完以後會回到司令室，於司令室中可以進行的行為有三：
1.接取任務 or 與奈奈對話
2.派遣成員至各地調查(第四話結束後)
3.前往天空展示室(成就一覽)

從司令部出來後，左方有維修床可進行治療，並且將副能源槽補滿。右方可搭乘空中巴士前往空中都市進行購物，收集扭蛋，並且利用轉運站前往舊地區。同伴們也會在司令部的附近出現，進行儲存也很重要，其體位置請參看以下地圖。（同伴位置並非固定，有時可能在別的地方）

當接下任務，或是前往舊地圖後，便是進行劇情、戰鬥、進行收集，最後再回到中央塔。進行任務的途中想回到中央塔的話，可以使用剛進入時的傳送裝置，或者是記錄裝置的傳送功能。

儲存與讀取

在地圖中的固定地點會出現記錄裝置，功能是儲存和回到中央塔。
在儲存上，一個記憶卡可存8個欄位，最新的欄位會顯示"NEW"字樣。
至於回到中央塔的功能，除了CH1、2、10的記錄裝置，皆有本功能，但是每次回到舊地圖均只能從最前面的地方開始，無法直接從回去的地方開始，因此使用本功能前要先想一下。

本作可以儲存的地點很多，但是讀取只能從標題畫面進行。若在遊玩當中要進行讀取，則得使用暖開機功能跳回標題畫面，各版本暖開機法如下
PS2版：L1+L2+R1+R2+Select+Start
GC版：B+X+Start/Select

本作取得地圖道具的方式是使用衝刺來撞破水晶，有取得的話會顯示於左上角。若顯示"X"，表示該道具滿了、並未取得，離開該區域再回來還會出現。

派遣系統為第四話才會開啟，詳細資料請參閱DATA>Deployment

空中都市位於第二話的中央塔，主要功能有三：1.購物、2.傳送至舊地圖、3.收集扭蛋。其前往方式只有搭乘空中巴士一途，但第二話剛開始時仍未開啟，購物只能沿途進行，第二話結束後才會開啟。往後的購物有位於拉格拉諾廢墟的「隱藏商店」，以及第十話限定的購物區。

在購物上，店面分為武器、道具、FM、雜貨四種，前三個只會販賣當前話數新增商品，雜貨店則是會賣前幾話曾經販賣過的道具，所以若買不起當前話數新增的道具也沒關係，以後再來雜貨店買即可。

通常來講在販賣介面不外乎就是購買、販賣和離開，但武器店在購買下面有多一個選項，是為「折舊」，可以進行主武器的直接換新，比較省時，簡單講就是賣掉舊主武器的同時換上新主武器，賣價沒有差別。

基坎提斯傳送中心也位於購物區，其可傳送的地圖如下，但也要等該地圖過關後才會開啟。

扭蛋販賣機分為三種：1.以模型硬幣購買、2.打密碼購買、3.以寶藏金幣購買（GC版限定）。

販賣機與模型硬幣、寶藏金幣的詳細位置請點選各CH頁面的MAP標籤查看。

開啟選單後會顯示選單與我方狀態，另可按Z(R2)鍵切換其他狀態顯示（要看HYPER可用次數就得切換），而選單有11個選項（PS2版為10個）。

第一個選項是副能源槽，可根據需要選擇回復情形，基本上越下面的選項越省。初始量只有200%，在遊玩當中可從地圖上或者特定敵人掉落來獲得能源槽零件，當收齊4個能源槽零件後可變為一個100%副能源槽，最多可至1000%。

第二個選項是道具一覽，可分為一般道具、主武器、副武器、FM、關鍵道具5種。而當按下Z(R2)鍵可進行整理，不同道具有不同的整理選項，但均可手動整理，當有需要時，手動整理可將在戰鬥中比較常用到的道具放在前面，以節省選單捲動時間。

第三個選項是主武器和副武器的裝備與說明，若數值上升則顯示藍色，數值下降則顯示紅色，但有的武器有其特殊效果，不能僅看數值的上升下降來決定。

第四個選項是FM的裝備，每個人能裝備的FM數量均不同，無法裝備的話會顯示"No Slot"。還有就是每個FM均有其侵蝕值，當侵蝕值合計超過抵抗值1倍話會提示「注意」，超過1.5倍的話會提示「危險」，而其倍率影響如下表。

第五個選項是FMG（能量金屬合成裝置），灰字表示未解鎖無法合成的配方或者已解鎖但材料不足的配方；白字表示可合成；藍字表示新解鎖但材料不足的新配方，紅字表示新解鎖且材料足夠的新配方。

詳細FM合成表請看DATA>FMG標籤

第七個選項是隊列變更，前三名為前鋒，後三名為後衛，依戰鬥需要調整。

第八個選項是遊戲設定，這邊前面講過便不解釋。

第九個選項是遊戲說明，內容會隨著遊戲進行而增加，新增的說明會顯示"NEW"字樣，如果有什麼地方不清楚的話可以來這邊查看。

第十個選項是察看收集到的扭蛋。

第十一個選項是GC版獨有的功能，用來與GBA連動，來尋找GC版特有的寶藏硬幣，詳細請參看「版本差異」標籤。

PS2與GC版的差異除了介面與按鈕之外，PS2版的獨佔要素是X8試玩版，在CH2中獲得X8試玩版鑰匙後儲存，即可在標題介面選擇，不過在X8已經出來的現在，這個要素可能已經不是那麼新奇了。

在遊玩體驗版的時候想跳回主畫面的話，方法是按R1+R2+L1+L2+START。

GC版獨佔的要素是可與GBA連動，如此才能藉由調查來取得隱藏在地區中的寶藏金幣，以此來獲得GC版限定的扭蛋。

GBA上會出現雷達圖，寶藏金幣以黃點顯示，而且進入到有寶藏金幣的房間時會有提示聲，操控方式很簡單，只有L縮小、R放大、A調亮、B調暗四個而已。

X指令

其可說是本作的核心系統，於戰鬥當中位於右下角，記載場上全角色的標誌、未來8巡的行動先後順序、以及敵我血量（頭目不顯示）。

「回合」是指該角色的可行動時機，而「巡」是對於場上的全角色來講，因此「回合」不等於「巡」，這點要注意，就拿本圖來講，可以看到第1巡與4巡分別是瑪利諾的第1與第2回合。如果不知道E1~E4是指哪一個敵人，可按START得知。

戰鬥選單

戰鬥時打開選單後，有各種指令可以下達：
1.副能源槽
2.道具
3.防禦
4.強化（或冷卻）
5.逃跑
6.分析（需裝備同名的副武器，一回合內可一直用）

副能源槽為全體共用，有各種恢復方式和消費百分比，經計算後選擇最有利的一個吧。

防禦除了可以加速行動外，還可以使損傷-50%、避免中異常狀態，但是WE的累積也減半。每位角色的WE初期值均不同，都有其內定值，但每回合的增加值均固定為25%

異常狀態分為6種，一人至多3種異常狀態同時存在，凍結、停止、失控這三個不會重疊，並且優先順序如前句所述。除了「即死」以外，其他5個均可以用「完全修復工具」和「全方位完全修復工具」來修復，其他詳細資料見下表。

終極突擊（Final Strike，簡稱FS）

本系統為當隊上有3位前鋒後開啟，觸發方式是在一回合內使用主武器或AT給予該敵當前LE75%的損傷，敵人身上會顯示出當前生命值，若能打到橙色以內便可發動，接著在秒數倒數結束前按下確定後發動，然後連打主武器與副武器鈕，並且以方向鍵選擇要攻擊的敵人（如果剛好有複數敵人達到的條件），以追求高傷害和HIT數為目標，最後，發動的的角色可回復若干WE，並且從該敵身上獲得的FME增加（FMG系統開啟後才會計算），各種詳細資料請繼續下閱讀。

FS啟動的4個條件：
1.有三名前鋒
2.無人處於凍結、失控、無法戰鬥的狀態
3.該敵LE4以上
4.以主武器或AT發動

可攻擊的時間決定於敵人的數量：
1名：4.0秒
2名：6.0秒
3名：7.5秒
4名：9.0秒

EXP獎勵

當在頭目戰達成特定行為，便可獲得額外的EXP，首先分為3個計分條件，再合計總分。

1.戰鬥中的條件
打過頭目屬性弱點：10
無人有過死亡狀態：10
無人啟動強化模式：10

2.打倒頭目時所使用的攻擊
觸發攻擊：5
終極突擊：同HIT數

3.打倒頭目所花的巡數
01~08：100
09~16：50
17~24：40
25~32：30
33~40：20
41~48：10
49~64：5
65以上：0

最後合計這3樣計分條件，再決定能得到的獎勵如下：
00~10：-
11~20：10%
21~40：20%
41~60：30%
61~80：50%
81~100：75%
101以上：100%

戰鬥結束後

打倒敵人後可獲得的報酬有金錢、FME（能量金屬能源）、道具（掉落或偷竊）、EXP四種。其中FME可靠FS（終極突擊）來獲得更多，EXP可在頭目戰當中藉由符合獎勵的行動來獲得更多，前文已有說明。