X6

シグマの策略によるコロニー落下事件から３週間後。

ゼロの命と引き替えにコロニーの地球衝突はなんとかまぬがれたものの、 地球に及ぼした影響は大きく、荒れ果てた姿となった。
人類は地上に出ることが出来ず、地下で生活し、 レプリロイドは地上に出て、地上再建に励んでいた。

エックスも生き残ったわずかなハンター隊員と共に復旧作業に努めていた。

不幸中の幸いかシグマウィルスは完全に消滅して、イレギュラーも発生していない。

そんなある日、エイリアからの警告が入る！

「イレギュラー発生！巨大なイレギュラーが暴れてるわ！ エックス！現場に直行して！」

消滅したと思われていたイレギュラーが再び発生した。

このイレギュラーは一体？真相を突き止めるべく、エックスは一人孤独に戦場へ向かった…

在西克瑪的策略下，殖民地墜毀事件後三個星期。

雖然傑洛以自己的性命換取了殖民地和地球直接撞擊的危險，但是地球仍受到巨大的影響，變得荒涼無比。

人類變得無法於地表生存、只能住在地下，於是思考型機器人回到地表，開始了基礎的重建。

艾克斯與僅存的非正規戰警隊員們也為了復興的工作而共同努力著。

不幸中的大幸是西克瑪病毒也同時完全消滅了 ，機器人非正規化事件也不再發生。

但是有一天， 艾莉雅發出了一則緊急通知 ！

「出現非正規品 ！ 巨大的非正規品發生暴動了！艾克斯 ！ 請直接到現場支援 ！」

一度被認為已經不會再發生的非正規事件再度發生了。

這個非正規事件僅僅只是偶然的嗎？為了了解事情的真相、艾克斯於是獨自一人向戰場前進…